Nato nel 1960, laureato nel 1984 in Discipline economiche e sociali presso l'Università Bocconi di Milano, Magatti nel 1990 ha conseguito il PhD in Social Sciences. Professore di prima fascia alla facoltà di Scienze politiche dal 2002, è passato alla facoltà di Sociologia di cui è preside dal 2003. Insegna Istituzioni di Sociologia, Sociologia dei fenomeni collettivi e Analisi e istituzioni del capitalismo contemporaneo. Ha svolto attività di ricerca e di consulenza per numerosi enti italiani ed europei, tra cui Unione Europea, Miur e Ministero del lavoro. Negli ultimi anni la sua attività di ricerca si è concentrata sullo studio della globalizzazione e dei ceti popolari e da anni si occupa dei rapporti fra economia e società con particolare riferimento alla realtà del nostro paese. È coordinatore di redazione di Studi di Sociologia e di Impresa&Stato e membro del Comitato scientifico di aggiornamenti sociali. È membro italiano dello Steering Committee della Global Studies Association e del Consiglio italiano delle Scienze sociali.
Tra i suoi libri più recenti: Libertà immaginaria. Le illusioni del capitalismo tecno-nichilista (2009), La grande contrazione. I fallimenti della libertà e le vie del suo riscatto (2012), Una nuova prosperità (2013, con Laura Gherardi), Generativi di tutto il mondo unitevi (2014, con Chiara Giaccardi).